进化树的构建方法?工具/原料电脑MEGA软件方法/步骤1、在NCBI上搜索所需的目的序列。2、以Metallothionein(MT)为例,将所需目的序列复制到Word上,形成如图格式。3、下一步用MEGA7构建进化树
进化树的构建方法?
工具/原料
- 电脑
- MEGA软件
方法/步骤
1、在NCBI上搜索所需的目的序列。2、以Metal世界杯lothionein(MT)为例,将所需目的序列复制到Word上,形[练:xíng]成如图格式。
3、下一步用MEGA7构建进化树。首先打开MEGA,然后点击亚博体育Align,点击Edit/Build Alignment,然后在弹出的小框中选择Create a new alignment,点击OK,根据你的需求选择Protein或DNA,如果比对的是核酸则点击DNA,若是蛋(练:dàn)白质则点Protein.在此以Protein为例。
4、直播吧点击Protein,出现如下第一张图所示,然后将目(拼音:mù)的序列粘贴。
5、点击Date菜单中的Phylogentic Analysi娱乐城s点击Yes,然后在主[pinyin:zhǔ]菜单中点击Analysis,点击Phylogeny并选择第二个。点击YES,然后在弹出的框中点击compute。
6、下图即为所构建的进化树。
细菌16S rDNA序列分析以后,怎么构建进化树?
有很多方法,可以下载软件也可以在线构建。在线构建可将你的序列输入PUBMED的Blastn中进行对比,结果中有一种就是系统发育树,但里面残余对比的序列太多,逆序挑选一下。软件有很多,比较简单的是DNAstar中的Megalin,但结果比较粗。推荐用ClustalX软件进行同源性比对后,运用MEGA3.0软件进行系统发育分析并绘制系统发育树,也很简单,看看说明就会。比较公认的严谨的是philip系列软件,但操作复杂
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