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微生物进化树【pinyin:shù】构建方法 进化树的构建方法?

2025-03-13 03:22:27Home-FurnishingsHome

进化树的构建方法?工具/原料电脑MEGA软件方法/步骤1、在NCBI上搜索所需的目的序列。2、以Metallothionein(MT)为例,将所需目的序列复制到Word上,形成如图格式。3、下一步用MEGA7构建进化树

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进化树的构建方法?

工具/原料

  • 电脑
  • MEGA软件

方法/步骤

1、在NCBI上搜索所需的目的序列。

2、以Me澳门巴黎人tallothionein(MT)为例,将所需目的序列复制【pinyin:zhì】到Word上,形成如图格式。

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3、下一步用MEGA7构建进化树。首先打开澳门永利MEGA,然后点击Align,点击Edit/Build Alignment,然后在弹出的小框中选择Create a new alignment,点击OK,根据你的需求选择Protein或DNA,如果比对的是核酸则点击DNA,若是蛋白质则点Protein.在此以Protein为(拼音:wèi)例。

4、点击Protein,出现如下第一张图所澳门永利《读:suǒ》示,然后将目的序列粘贴。

5、点击Date菜单中的Phylogentic Analysi澳门巴黎人s点击Yes,然后在主菜单中点击Analysis,点击Phylogeny并选择第二个。点击YES,然后在弹出的框{练:kuāng}中点击compute。

6、澳门新葡京下图即为(繁:爲)所构建的进化树。

细菌16S rDNA序列分析以后,怎么构建进化树?

有很多方法,可以下载软件也可以在线构建。在线构建可将你的序列输入PUBMED的Blastn中进行对比,结果中有一种就是系统发育树,但里面残余对比的序列太多,逆序挑选一下。软件有很多,比较简单的是DNAstar中的Megalin,但结果比较粗

推荐用ClustalX软件进行同源性比对后,运用MEGA3.0软件进行系统发育分析并绘制系统发育树,也很简单,看看说明就会。比较公认的严谨的是philip系列软件,但操作复杂。

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