16S测序和宏基因组测序有什么区别?一、16S测序原理 16S rDNA基因存在于所有细菌的基因组中,具有高度保守性。然而该基因序列还包括9个高变区(V1-V9),通过特异性引物对某一段高变区(如V3区)或某几段高变区(如V3-V4区)进行扩增测序,然后与数据库比对,可特异性识别细菌种类
16S测序和宏基因组测序有什么区别?
一、16S测序原理 16S rDNA基因存在于所有细菌的基因组中,具有高度保守性。然而该基因序列还包括9个高变区(V1-V9),通过特异性引物对某一段高变区(如V3区)或某几段高变区(如V3-V4区)进行扩增测序,然后与数据库比对,可特异性识别细菌种类。二、宏基因组测序原理 将基因组DNA随机打断成若干条5澳门新葡京00bp的小片段(类似于拼图中的单个形状不一的模块),然后连接接头(双端120bp),在片段两端加通用引物进行PCR扩《繁体:擴》增测序。将reads进行组装拼接(类似于将众多模块拼成一副完整图片),得到基因序列,众多基因构成完整的基因集。同时将获得的reads片段或组装好的基因序列与NCBI数据库进行比对,得到物种注释结果。对于16S测序而言,任何一个高变区或几个高变区,尽管变异性再高,对于某些物种来说,这些高变区也可能十分相近,而能够区分它们的特异性序列片段有可能不在我们的扩增区域内
换言之,非全长的可变区序列覆盖范围不够导致无法鉴定到种。宏基因组在建库之前会先将基因组DNA随机打断成若干小片段,而这些小片段中总有一些能够包含区分2个物种的基因差异序列。由于测序深度足够深,相当于覆盖了整个基因组的信息,因此在与NCBI数据库比对时,就能够注释到相应的种水平的物种。
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