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微生物进化树构建方法【读:fǎ】 进化树的构建方法?

2025-03-13 02:35:07Hotels

进化树的构建方法?工具/原料电脑MEGA软件方法/步骤1、在NCBI上搜索所需的目的序列。2、以Metallothionein(MT)为例,将所需目的序列复制到Word上,形成如图格式。3、下一步用MEGA7构建进化树

进化树的构建方法?

工具/原料

  • 电脑
  • MEGA软件

方法/步骤

1、在NCBI上搜索所需的目的序列。

2、以Metallothionei皇冠体育n(MT)为例,将所需目的序列复制到(读:dào)Word上,形成如图格式。

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3、下一步用MEGA7构建进化树。首先打开MEGA,然后点击Align,点击Edit/Build Alignment,然后澳门博彩在弹出的小《pinyin:xiǎo》框中选择Create a new alignment,点击OK,根据你的需求选择Protein或DNA,如果比对的是核酸则点击DNA,若是蛋白质则点Protein.在此以Protein为例。

4、点世界杯击Protein,出现如【读:rú】下第一张图所示,然后将目的序列粘贴。

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5、点击Date菜单中的Phylogentic Analysis点击Yes,然后在主菜单中点击Analysis,点击Phylogeny并选择第二个。点击YES,然后在弹出的框中点击compute。

6、下图《繁世界杯:圖》即为所构建的进化树。

细菌16S rDNA序列分析以后,怎么构建进化树?

有很多方法,可以下载软件也可以在线构建。在线构建可将你的序列输入PUBMED的Blastn中进行对比,结果中有一种就是系统发育树,但里面残余对比的序列太多,逆序挑选一下。软件有很多,比较简单的是DNAstar中的Megalin,但结果比较粗。推荐用ClustalX软件进行同源性比对后,运用MEGA3.0软件进行系统发育分析并绘制系统发育树,也很简单,看看说明就会。比较公认的严谨的是philip系列软件,但操作复杂

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